He observado un problema similar con RunKeeper en el pasado (todavía no en mi iPhone 6) y creo que tiene que ver con que el teléfono tenga dificultades para ubicarse con precisión en ese momento. La "entrada cero" de iPhone en su ubicación actual, comenzando con un radio grande y reduciéndolo a medida que obtiene información más precisa. Con eso, siempre asume que está en el centro del círculo. Cuando el teléfono se atraganta con su ubicación, MapMyRide grabará esa ubicación incluso si es errónea, creo.
Lo que hice con RunKeeper cuando eso sucedió fue simplemente editar la actividad más tarde en una computadora. Quité el punto problemático y las estadísticas y la ruta volvieron a la normalidad. No creo que casi nunca haya sucedido eso más de una o dos veces en una actividad y rara vez ocurrió así.
No he usado MapMyRide, así que no sé si hay una manera de editar su actividad. Pero, en resumen, sospecho que el teléfono, ya que la aplicación no es la fuente real de la información de ubicación, solo le pide a la computadora.