Como dices, es un desastre y no hay una manera fácil de deshacer esto, ya que es difícil decir cuáles se instalaron de qué fuente.
Los que deberían estar en / usr / include provienen de OS X directamente o Xcode y sus herramientas de línea de comandos.
Entonces, en teoría, puedes identificar cuáles son Homebrew y cuáles no.
Si luego puede eliminar el enlace / usr / local / include mkdir a nuevo / usr / local / include, entonces mv los elementos Homebrew de / usr / include al nuevo directorio. Luego vuelva a instalar las herramientas de línea de comandos de OS X y Xcode (esto último podría ser suficiente). Sin embargo, creo que esto no será factible en la práctica. Así que elimine el enlace y el directorio y vuelva a instalar OS X, las herramientas de línea de comandos de Xcode y Homebrew.
Si todas sus compilaciones tienen / usr / local / include como el primer directorio de inclusión, entonces no tendrá ningún problema, pero eso es TODAS compilaciones. (por ejemplo, las compilaciones de Python que usan C en la configuración deberían usar el mismo que se incluye con python, así que debería usar / usr / include)