Con IMAP, es responsabilidad del dispositivo (o de los clientes) saber en qué carpeta colocar varios mensajes, ya que las acciones se realizan en los mensajes. Sospecho que tienes una mala configuración de IMAP. Hay 4 carpetas especiales: Borradores, Enviados, Eliminados y Archivar. Se pueden especificar para cada buzón en cada dispositivo que acceda a esa cuenta. (Configuración > Correo, Contactos, Calendarios > (seleccione su cuenta) > (seleccione nuevamente) > Configuración avanzada)
Para complicar las cosas, tendrá que verificar cada dispositivo en el que tenga configurada la cuenta de correo. Por ejemplo, si está configurado en un MB, iPhone y iPad, verifique las designaciones de carpetas especiales en las 3. Si tiene este problema de forma intermitente, el hecho sugiere que estas carpetas están configuradas correctamente en un dispositivo, pero no en otro. Si solo tiene esta cuenta en un dispositivo, el error en la configuración seguirá estando en esta área de configuración.