No, no es peligroso. Casi todas las tareas individuales se ponen en cola y persisten si es necesario. A menos que tenga una tarea en primer plano que tenga un bonito botón "x" para detenerla, puede reiniciar, apagar, dormir, etc. sin ningún problema. Las tareas del sistema en OS X están diseñadas para ser completamente automáticas, autónomas y apartadas para el usuario.
Cuando esté completo, es posible que reciba otro mensaje del centro de notificaciones, pero es probable que solo se haga en silencio y su sistema se "sentirá" mucho más rápido.
La mayoría de las optimizaciones posteriores a la instalación son cosas como la indexación de Spotlight y LSServices haciendo todo esto.
Si desea ver si su sistema está haciendo algo en segundo plano, puede abrir el monitor de actividad y dejarlo inactivo por un momento para que OS X detecte que no está haciendo nada y luego tome un poco más de CPU. poder y memoria para realizar tareas del sistema hasta que entres y empieces a hacer las cosas de nuevo. Probablemente verá procesos como "mds" usando una parte significativa de su tiempo de CPU. Es parte de Spotlight y recopila información sobre dónde está todo para que puedas usar la función de búsqueda para encontrar tus cosas.