¿Cómo detengo el cuadro de diálogo "¿Está seguro de que desea abrirlo?" y no se abre cuando abro una aplicación?

Si necesita hacer esto manualmente en un archivo (o archivos), puede ejecutar el siguiente comando para eliminar el indicador de cuarentena:

xattr -d com.apple.quarantine /PATH/TO/FILE(S)

Entonces, en su caso, ya que no se está eliminando el indicador de cuarentena, querrá ejecutar el comando con sudo como la causa principal para que el indicador no se elimine después de presionar "Abrir", porque no tiene permisos para hazlo.

Crea un archivo llamado com.apple.DownloadAssessment.plist debajo de Library/Preferences con lo siguiente:

<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN"
   "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
  <dict>
    <key>LSRiskCategoryNeutral</key>
    <dict>
      <key>LSRiskCategoryContentTypes</key>
      <array>
        <string>public.item</string>
      </array>
    </dict>
  </dict>
</plist>

Luego cierre sesión y vuelva a iniciar sesión.

Las instrucciones para Snow Leopard son un poco diferente .

Más profundo sería una buena opción, pero te sugiero que uses OnyX

OnyX proporciona algunas funciones más que Deeper, lo que le permite verificar el disco de inicio y la estructura de sus archivos del sistema y eliminar cachés.

si utiliza Deeper puede marcarlo en la pestaña General.