Tuve el mismo problema, ¡y finalmente encontré una manera de solucionarlo!
Hay 2 formas de solucionar este problema, ya sea a través de iTunes o en el iPhone. La ruta de iTunes es más rápida y si tienes muchas aplicaciones en esa carpeta faltante, es posible que no las recuerdes todas e iTunes te ofrece la lista completa.
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Vaya a iTunes con su iPhone conectado y haga clic en su teléfono.
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Ir a la pestaña de aplicaciones
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localice todas las aplicaciones que estaban en esa carpeta y elimínelas.
En realidad eliminé todas las aplicaciones excepto 2 que no quería eliminar todavía porque tenían datos sobre ellas que no quería perder. Curiosamente, después de eliminar todas las otras aplicaciones, las 2 aplicaciones que no eliminé volvieron a aparecer en mi teléfono sin la carpeta. Es muy probable que solo intentes eliminar 1 o 2 aplicaciones de esa carpeta solo y ver si el otro vuelve a aparecer, lo que hace que este proceso sea más rápido y mejor.
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Ahora vuelva a instalar todas las aplicaciones que eliminó y todas deberían volver a aparecer en su teléfono sin la carpeta.
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Cree una nueva carpeta y vuelva a colocar todas las aplicaciones.
Voilà, ¡ahí lo tienes!