Yo también, prefiero que Mail.app no marque el siguiente mensaje como leído. También estoy usando Yosemite. La única forma que conozco para lograr esto es ocultar el visor de mensajes:
Correo = > Preferencias = > Pestaña de visualización = > seleccione 'Usar diseño clásico'
Ahora la ventana de Correo solo muestra la lista de Buzones a la izquierda (que es opcional) y los mensajes en el buzón actual a la derecha. (Es posible que deba arrastrar el divisor entre el panel de lista de mensajes y el panel del visor de mensajes hasta el final de la ventana). Para ver un mensaje, haga doble clic en la vista de lista y se abrirá en una ventana separada. . Desde allí, puede cerrar, responder, reenviar, marcar o eliminar. Si lo elimina, el siguiente mensaje de la lista se resaltará, pero no se marcará como leído hasta que lo abra.
Espero que esto ayude.