Simplemente me desconectaría de su cuenta y configuraría la cuenta correcta en cada Mac. Abra la App Store y vea qué actualizaciones están disponibles. Cualquier usuario administrador puede ejecutar actualizaciones normales y luego puede ver qué compras (si las hay) están en la cuenta incorrecta.
Es posible que haya esquivado una bala si solo se realizaron actualizaciones del sistema, ya que no se atan como una compra permanente. Aun así, el proceso de clonación significa solo un Mac registrado para la suite iLife y puede esperar el consejo de Apple si esa decisión se puede revertir si solo usará una de las otras cuentas para actualizar dos máquinas en el futuro.
Haz una segunda pregunta o edita esto con más detalles una vez que hayas probado esto en una Mac de prueba para ver qué otra cosa necesita solución.