Aunque, por mi experiencia, este error parece haberse resuelto desde OS X Mountain Lion, podría ser que la base de datos de Launch Pad ya estuviera dañada al actualizar, y la actualización no necesariamente la repare.
Puede intentar reconstruir su base de datos y ver si eso resuelve su problema, pero tenga en cuenta que esto eliminará por completo su orden actual y la agrupación de aplicaciones en Launchpad.
Para eliminar / reconstruir la base de datos, puede ejecutar este comando desde la Terminal:
rm ~/Library/Application\ Support/Dock/*.db; killall Dock