Supongo que no estás usando Lion, ya que tu descripción suena más a FileVault 1 (a través de Snow Leopard) que a FileVault 2 (Lion).
FileVault 1 protege toda la carpeta de inicio, con cifrado cuando no está conectado y permisos cuando lo está. Para acceder a los archivos en su carpeta de Sitios, el proceso del servidor web tendría que pasar por su carpeta de inicio, ya que no puede ingresar a su carpeta de inicio, tampoco puede acceder a nada dentro de ella, por lo que los permisos en su carpeta de Sitios son irrelevantes. (Recomendaría establecer los permisos en Sitios de nuevo en 755, aunque - 777 es solo una mala idea).
Como resultado de esto, ~ / Sites es bastante inútil en las cuentas de FileVault. Lo mismo ocurre con ~ / Public: normalmente, es para compartir archivos tanto localmente como (si los servicios están habilitados) a través de AFP y / o SMB, pero con FV no se puede acceder.
Pero tiene una alternativa: el directorio web de nivel superior, / Library / WebServer / Documents. Simplemente reemplaza los archivos predeterminados por los tuyos y deberías estar listo.