Aparentemente, los datos solo se envían al iPhone cuando llegan nuevos correos electrónicos no leídos. Si lees un correo electrónico en tu escritorio o en la web, el estado de "Lectura" no se enviará al iPhone hasta que no se envíe otro correo electrónico nuevo o lo verifiques manualmente.
Es muy molesto porque siempre creo que hay mensajes nuevos cuando no los hay, y la única forma de averiguarlo es iniciar Mail.
¿Hay una solución?
Lamentablemente No
En lo que respecta a Apple, esto es por diseño, e incluso la última actualización de correo en MobileMe no habilitó esta funcionalidad. Esto se ha discutido ampliamente en los foros de Apple y, con suerte, en algún momento se realizará este cambio.
No hay una solución alternativa conocida, ya que está controlada por el servidor y no por la aplicación local. Incluso con jailbreak no hay ninguna solución que yo sepa.