Me parece que los scripts que se guardan como * .applescript siempre deben ser el texto sin compilar, mientras que los que se guardan como * .scpt pueden ser el texto sin procesar o el programa compilado.
¿Qué ventajas / desventajas hay al usar cada extensión?
Una pregunta complementaria: ¿existe una extensión análoga a * .applescript para el nuevo lenguaje JavaScript para automatización (JXA)? Quizás * .jxa?