Respuesta corta: Probablemente
Respuesta larga:
Técnicamente hablando, CCC y herramientas similares no hacen copias exactas de volúmenes a nivel de bits. Existen diferencias detectables (por ejemplo, cada disco tendrá diferentes UUID). Dicho esto, nunca he visto ningún software que dependa de algo como el UUID del disco, pero es posible que alguien lo use como parte de un esquema de protección contra copia o algo así.
Una excepción es Time Machine. Time Machine usa el UUID para identificar el disco de origen. Por lo tanto, para que Time Machine continúe progresivamente en su copia de seguridad anterior, deberá usar el comando sudo tmutil associatedisk -a
.