Ya que estamos hablando de Time Machine, si fuera yo, solo tendría una copia de seguridad de la unidad externa cuando esté conectada a la Mac a la que normalmente se conectará. Sé que esto no es realmente lo que estás preguntando, pero creo que es tu opción más segura (principalmente porque es más simple y tienes menos espacio para el error humano). Y, según mi experiencia, los discos duros externos generalmente se encuentran conectados a una máquina más que a otras.
Sin embargo, si encuentra que la unidad externa está conectada regularmente a cualquiera de las Mac durante períodos prolongados y realmente necesita una copia de seguridad independientemente de la Mac a la que esté conectada, entonces su solución terriblemente poco elegante es realmente la única manera de ir. Si es así, es posible que desee reconsiderar la estructura de sus archivos para que sea fácil "dividir" el contenido de cada Mac correspondiente. (Suponiendo que, por supuesto, ya no es fácil dividir las cosas).
Por ejemplo, podría dividir sus archivos de medios en dos carpetas principales (una para realizar copias de seguridad a través de MacBook Pro y la otra para MacBook Air). Por supuesto, estas carpetas pueden tener cualquier número de subcarpetas.
Otro ejemplo podría ser que todos los archivos se agrupen en carpetas etiquetadas como 0-9, A-M y N-Z (o lo que sea más conveniente para usted).
En cualquier caso, la idea es facilitar la división entre las configuraciones de Time Machine para que quede muy claro cuáles están respaldadas por una Mac y cuáles están respaldadas por la otra Mac. . Luego, siga organizando sus archivos dentro de estas carpetas según lo necesite.