Ejecutando El Cap a principios de 2008 MacPro. Yo uso R, que tiene un sistema de control de versiones incorporado en su implementación de Frameworks. Todas las carpetas de paquetes que se encuentran dentro de /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library deben poder actualizarse periódicamente desde el programa R. Algo sucedió cuando moví mi "bendita" instalación de OSX de un disco duro a un SSD. (Por favor, perdone cualquier terminología arcaica, soy un tipo viejo con décadas de historia mac-ish). Las carpetas del paquete están todas enumeradas en los paneles de getInfo como Read only para everyone .
Desde el cambio hace un par de meses, simplemente elimino los paquetes que necesitan una actualización y luego el proceso R puede completarse sin dificultad. Sin embargo, hay una nueva versión y es posible que tenga que hacer una actualización al por mayor y escribir la contraseña mil veces puede no ser posible.