Uso Fantastical para mi calendario y, por lo tanto, no deseo recibir notificaciones de Calendar.app, ya que son redundantes con las notificaciones de Fantastical. Como es de suponer, desactivo las notificaciones de Calendar.app pero siguen activándose después de un cierto período de tiempo. Creo que esto también sucede en más de una computadora mía.
Cada vez que vuelvo a las Preferencias del sistema, deshabilito las notificaciones de la aplicación y se vuelven a encender después de un par de semanas. Este ha sido un juego del gato y el ratón durante el último año aproximadamente.
Alguien tiene un problema similar con los mensajes, pero no estoy seguro de que sea una solución similar: Las notificaciones de mensajes siguen activándose en Yosemite