Para abrir archivos dentro del directorio actual con comando:
atom .
or
open -a atom .
Atom los abre con las ventanas de restauración.
Para abrir el átomo fresco, lo intenté
open -F -a atom .
open -F -n -a atom .
No funcionaron como se esperaba.
Cómo abrir archivos bajo el directorio actual en la aplicación atom sin restaurar ventanas.