Vilasmismasdosaplicacionesenelmenú"abrir con" y la búsqueda de la otra instancia me llevó a ~ / Library / Group Containers / group.com.apple.notes / Media folder.
Después de hacer una copia de seguridad de las notas, eliminé Macvim.app de la carpeta de medios de notas, pero en el momento en que abro la aplicación de notas, volvió a aparecer. No estoy seguro de cómo limpiar y hay otras aplicaciones también dentro de la carpeta, como Dashboard.app y Firefox.app.
Por favor, avise si alguien ha encontrado este problema o lo ha resuelto.
Gracias