Desde que actualicé a Sierra tengo el siguiente problema tanto en mi Macbook como en mi iMac (por cierto, la nueva actualización 10.12.1 tampoco solucionó esto). Cada vez que se crea un nuevo archivo dentro de una carpeta (que no tiene habilitada la clasificación automática (por lo que antes elegí algo como "Ordenar por nombre" antes) el nuevo archivo se coloca al azar debajo o debajo de otros iconos de archivos / carpetas :
He hablado con algunos otros usuarios y parece que no soy el único con este problema. Esto sucede TODO EL TIEMPO, además de otros problemas (donde el reordenamiento genera aleatoriamente una columna vacía en el centro de la ventana y otras cosas)