En teoría, no importa, al instalar OS X El Capitan, puede seleccionar la partición en la que desea que se instale el sistema operativo, lo que, sorprendentemente, incluso puede seleccionar un USB. Si está extremadamente preocupado por interferir con otro disco, cree un USB de arranque. Siga las instrucciones del sitio web oficial de Apple. enlace También hay muchos videos de Youtube sobre cómo hacerlo.
Después de que termines de hacer el USB de arranque. Apaga tu computadora Conecte el USB a uno de los puertos USB, inicie su computadora mientras mantiene presionada la tecla de opción, y le traerá una lista de discos de arranque. Seleccione el disco "Instalar El Capitán" (o un nombre que sea similar a este), que también debería aparecer como un ícono de USB en lugar de un ícono de disco duro, y lo llevará a la instalación. Asegúrese de seleccionar el disco duro de Macintosh HD como el disco en el que desea instalar OS X El Capitan, y no debería interferir con su sistema Linux. Al menos no interfirió con mi sistema de Windows.