Hay otras cosas además de las aplicaciones que utilizan el espacio de almacenamiento de iCloud. El más grande es iMessage. Si tiene conversaciones que no ha eliminado en mucho tiempo, especialmente las que tienen imágenes, éstas ocupan bastante espacio como parte de sus copias de seguridad.
Además, parece que también tienes una copia de seguridad de tu correo en iCloud (según tus capturas de pantalla). El correo también ocupa espacio ... especialmente si no borra todo su correo o lo borra de su papelera.
Lo más probable es que, sin embargo, no hayas eliminado tus mensajes en algún momento y esos están ocupando la mayor parte de tu espacio de copia de seguridad.
EDITAR - Además, dado que iMessages no se muestra en la sección de copia de seguridad (aunque está respaldada), si tiene curiosidad por la cantidad de espacio que ocupan sus mensajes, en su iPhone puede navegar a Configuración - > General - > Almacenamiento & Uso de iCloud - > Administrar el almacenamiento (el que está en la parte superior debajo de Almacenamiento). A partir de aquí, mostrará la cantidad de espacio que ocupa cada aplicación en su teléfono. Lo que vea aquí para los mensajes, también afectará su copia de seguridad.