Cuando busco una aplicación en Spotlight (ver captura de pantalla), muestra el ícono de la aplicación con una marca blanca o un ícono no disponible. En este caso la aplicación en cuestión es VLC. Cuando instalé VLC inicialmente, El Capitán pudo verificar la identidad del desarrollador, pero pude ejecutar la aplicación de todos modos. Finder mostró el ícono de la aplicación correctamente, pero por temor a que se produjera algún daño en el proceso de descarga / instalación, desinstalé la aplicación usando Terminal y la descargué nuevamente, y esta vez OS X verificó la identidad del desarrollador y todo estuvo bien. Así que asumo que tiene algo que ver con el problema de la instalación inicial y Spotlight ha guardado un error en la primera instalación.
¿Podría ser este el problema? No tengo ningún problema con VLC, como tampoco lo tenía antes, pero es solo una de esas cosas que me molesta porque soy un ávido usuario de Spotlight.