Después de restaurar todo mi sistema desde una copia de seguridad de Time Machine, hay dos notificaciones bloqueadas en el centro de notificaciones. Falta la "X" para eliminarlos y regresan incluso después de desactivar y volver a habilitar las notificaciones de las dos aplicaciones de las que son (Recordatorios y Calendario). Aquí hay una captura de pantalla:
Las notificaciones más recientes seguirán apareciendo y se pueden eliminar. Estoy ejecutando OS X 10.11