En iCloud / Google Apps, no creó las carpetas en "Bandeja de entrada", por lo que aparecen más abajo en el panel que ha capturado.
En el servidor de Exchange, usted creó las carpetas debajo de la "Bandeja de entrada" y, por lo tanto, ahí es donde Mail.app las muestra.
En mi Zoho (cuenta IMAP), puedo usar el cliente web para crear una carpeta en la Bandeja de entrada, o usar Mail.app con ctrl + clic en la Bandeja de entrada en la que quiero crear una carpeta y seleccionar "Nuevo buzón". .. ”, en la ventana que aparece con el prefijo el Nombre de la carpeta que desea crear con“ Bandeja de entrada / ”, por ejemplo Inbox/foo
.
Probé lo anterior en mi cuenta de iCloud, pero no pareció funcionar.