Parece perfectamente normal. Si ha eliminado archivos de otro sistema operativo, si desea volver a la estabilidad, reinicie HD de recuperación y repare la partición OS X. Luego, inicie OS X y descargue el último actualizador de combo y reinicie.
Yo agregaría la partición de Mac a la pestaña de privacidad de Spotlight y cerraría las preferencias del sistema. Luego lo quité de la pestaña de privacidad y lo dejé reposar durante unos 30 minutos y luego ejecuté el actualizador de combo.
Mientras tengas una copia de seguridad de tus archivos, en el peor de los casos, acabarás con un lado OS X corrupto y tendrás que limpiar y reinstalar. Si desea descargar el último instalador de OS X durante los 30 minutos de espera anteriores, es bueno tenerlo en una memoria USB por si acaso. Probablemente no lo necesite, ya que el sistema de reflectores se limpia y se cuida bastante bien. Las únicas veces que he visto que tienen archivos enormes es cuando el sistema se modifica externamente como lo describe.
Aquí hay algunos datos para respaldar mi opinión de que 900M no es anormal:
MacPro:~ bmike$ sudo du -sm /Volumes/*/.Spotlight*
2952 /Volumes/Backups/.Spotlight-V100
496 /Volumes/Data/.Spotlight-V100
1082 /Volumes/NTM/.Spotlight-V100
183 /Volumes/fast/.Spotlight-V100
MacBookPro:~ bmike$ sudo du -sm /Volumes/*/.Spotlight*
1419 /Volumes/Macintosh HD/.Spotlight-V100
4273 /Volumes/PassportAir/.Spotlight-V100
4567 /Volumes/Retina/.Spotlight-V100