Cuando intento arrastrar Photos.app u otras aplicaciones del sistema empaquetadas a la papelera en El Capitán, aparece el error
"Photos.app" no se puede modificar ni eliminar porque OS X lo requiere.
La solución en Yosemite sería simplemente utilizar
$ sudo rm -Rf Photos.app
pero este método está bloqueado en El Capitán. En su lugar, obtienes
Operación no permitida
Intenté cambiar los permisos con
$ chflags -R nouchg Photos.app
en vano.
¡Debe haber una manera de evitar esto!
ACTUALIZACIÓN: no he seleccionado mi respuesta porque aparece un icono sin iconos y medio de trabajo (ver captura de pantalla) 
de Photos.app apareció en mi sistema y se abrió automáticamente en la inserción de la tarjeta SD. Esto funcionó y no causó problemas durante meses, y ahora las fotos están de vuelta
En lugar de eliminar la aplicación, lo que hice fue lo siguiente ...
Deshabilité SIP (como publicó Alejandro). Luego entré en la carpeta de aplicaciones, "Obtener información" para la aplicación Fotos, luego configuré los permisos "Todos" en "Sin acceso". De esta manera, cuando hay algo conectado, la aplicación no se iniciará (bueno, se inicia y luego se detiene), pero la aplicación permanece en caso de que necesite volver a habilitarla. Una vez hecho esto, vuelva a habilitar SIP.
Haga clic derecho en "Fotos" en la carpeta "Aplicaciones". Haga clic en "obtener información". Cambie todos los permisos a "leer y escribir". Arrastra la aplicación de fotos a la Papelera.
Esto funciona para cualquier aplicación de acciones de Mac OS.
Lea otras preguntas en las etiquetas el-capitan photos.app delete