Si usa el menú "Archivo" - > "Obtener información" al ver una de las pistas, puede ver si es "parte de una compilación" o no en la pestaña "Información". Los álbumes de "compilación" son generalmente álbumes que tienen canciones de más de un solo artista o grupo, y son manejados de manera diferente por iTunes de una manera que realmente nunca he descubierto.
Normalmente, evito esto utilizando la función "sincronizar este álbum" en iTunes, sino que creo una lista de reproducción (o varias listas de reproducción, supongo) que relleno con las pistas que quiero sincronizar:
En iTunes en tu computadora, deberás seleccionar qué música quieres sincronizar. Cuando el teléfono se enchufa en iTunes y el teléfono se selecciona en la barra lateral (es posible que deba seleccionar el elemento del menú "Ver" - > "Mostrar barra lateral") una de las pestañas junto al "Resumen" del teléfono es para "Música", donde puede establecer exactamente qué listas de reproducción, artistas, álbumes y géneros se sincronizan. Me parece conveniente tener al menos una lista de reproducción llamada algo como "para mi iPhone", en la que puedo agregar de manera conveniente cualquier pista individual que quiera sincronizar con el teléfono, además de cualquiera de los otros métodos de selección posibles.
Por cierto, en la página "Resumen", probablemente valga la pena seleccionar "convertir las canciones con mayor tasa de bits a 128 kbps" para ahorrar mucho espacio en su iDevice. Con la mayoría de los auriculares y entornos de escucha, es casi imposible notar la diferente calidad de sonido. Marcar esta casilla puede hacer que la primera sincronización sea mucho más larga si el sistema necesita hacer un montón de conversión de música, pero las siguientes sincronizaciones no serán notablemente más lentas en mi experiencia.