(Al menos) dos veces desde que actualicé a Yosemite. Noté que de repente recibía notificaciones de una aplicación que había desactivado. Luego voy a Notificaciones en Preferencias del sistema y me doy cuenta de que cada casilla de verificación está marcada nuevamente para cada aplicación que tiene una entrada en el Centro de notificaciones.
Esto no está sucediendo después de un reinicio. Mirar en Console.app revela algunas entradas sobre notificaciones, pero nada salta como obviamente relacionado con volver a encender todo.
update:
Simplemente volvió a suceder, esta vez después de actualizar a 10.10.1