Depende un poco de lo que quiere decir con "resaltar texto". La especificación de PDF permite que el texto resaltado y algunas aplicaciones, como GoodReader, hagan su resaltado aprovechando esto. Otras aplicaciones, como iAnnotate y GoodNotes, funcionan de una manera ligeramente diferente. Consideran el PDF como fondo y luego dibujan sobre él. Si dibuja con tinta ligeramente transparente, puede crear el efecto de un rotulador. Estas dos técnicas son diferentes:
Adecuado resaltado. Características principales: sigue el texto con precisión y va debajo de el texto. La última es una ventaja definitiva, pero la primera puede ser irritante: si tiene, por ejemplo, matemáticas donde los caracteres van por encima y por debajo de la línea, el resaltado también sube y baja.
Superpuesto resaltado. Características principales: no está restringido a seguir el texto y pasa sobre el texto. Esto significa que es mucho más parecido a un rotulador real sobre papel, por lo que puede resaltar absolutamente cualquier cosa en la página.
Uso GoodReader, iAnnotate y GoodNotes y me gustan todos. GoodReader realiza el resaltado "correcto" mientras que los otros dos hacen el tipo de "superposición" (GoodReader puede realiza el resaltado superpuesto si elige el lápiz correctamente). Creo que el tipo de superposición encaja mejor con mi lectura (pero soy matemático), pero GoodReader tiene otros beneficios que la convierten en la mejor opción para leer archivos PDF para mí.
(A menudo tengo GoodReader y GoodNotes abiertos como aplicaciones "adyacentes" para poder alternar entre la lectura de un PDF y la escritura de mis ideas).