Uso Mail.app conectado al servidor IMAP de mi trabajo. Hace aproximadamente dos semanas noté que cuando movía mensajes de INBOX a una carpeta de archivo, o borraba los mensajes, algunos eventualmente regresaban a INBOX. No he podido captar el momento en que vuelven, pero definitivamente lo hacen.
Esto hace que sea muy difícil hacer las cosas, ya que mi INBOX se está llenando cada vez más del correo que ya procesé y traté. No estoy seguro de cómo diagnosticar o solucionar el problema.