Esto es probable porque iTunes está sincronizando automáticamente tu música.

Cuandosincronizaautomáticamentelamúsica,administralascancionesquetieneensudispositivoyendoalapestañademúsica,yseleccionandoquélistas/artistas/géneros/álbumessincronizaronosincronizar.
Lasolución:
Paraadministrarlamúsicadeformamanual,hagaclicenlapestañaResumen,desplácesehastacercadelaparteinferiory,eneláreadeOpciones,habráunaopciónparaadministrarmanualmentelamúsicaylosvideos.Seleccionaestaopciónydeberíaspodereliminarcancionesydemásdesdelapestaña"En este iPhone".