Estoy usando un Macbook Air con un monitor externo (finalmente lo convertí de Windows, no sé lo que me tomó tanto tiempo ;-)).
Cuando tengo una ventana del navegador Chrome abierta en el monitor externo y hago clic en un enlace que se abre en una ventana emergente, se abrirá la ventana emergente oculta en mi Macbook. No puedo encontrar una configuración para abrirla en la misma ventana en la que se encuentra mi navegador.
Algunas veces incluso tuve un menú abierto en una ventana diferente. Raro ...