La función de copia de seguridad realiza una copia de seguridad de todos los datos de la aplicación, la configuración del sistema y las preferencias del usuario. Los datos como contactos, notas y calendarios solo se sincronizan a pedido, a menos que esté utilizando algo como MobileMe que sincroniza estos datos en segundo plano.
Si no sincronizó sus datos de contacto, nota y calendario mientras viajaba, su única copia de seguridad permanecerá en su máquina principal. La restauración desde allí y la información de tu contacto, nota y calendario se sincronizarán desde las aplicaciones que hayas designado como administradores de esos datos.
Desde mi propia experiencia personal, he usado y restaurado de MobileMe independientemente de iTunes con éxito muchas veces y continúo usando ese servicio por ese motivo en caso de que una copia de seguridad de iTunes o del sistema nunca falle para mí. En el futuro, esta funcionalidad estará disponible para todos a través del servicio iCloud.