Para empezar, si estuviera editando .bash_profile en su carpeta de usuario, no debería ser capaz de causar problemas en todo el sistema, lo máximo que experimentaría es la falta de capacidad para ejecutar el software instalado por Homebrew si escribe incorrectamente línea. Sin embargo, para estar seguro, eliminaría esta línea de tu perfil de bash si es posible. El software Homebrew de vínculos automáticos se instala en los directorios /usr/bin/ y /opt/local/ , por lo que no tiene que agregar nada a $ PATH para que funcione correctamente.
En lo que respecta a Xcode, estoy en Sierra y la versión 8 ha funcionado bien para mí, pero la versión 7 fue extremadamente problemática cuando estaba ejecutando El Capitán. Sin mencionar que la versión 8 es aproximadamente la mitad del tamaño de la versión 7, por lo que recomendaría desinstalar la versión 7 y reemplazarla con la versión 8.
Con Homebrew en particular, existe el problema de que requiere tanto la aplicación Xcode como las herramientas de línea de comandos de Xcode (una búsqueda rápida revelará cómo instalarlas desde el Terminal), por lo que si no tiene ambas, podría causar cuestiones.
¿Finalmente tiene desactivada la protección de integridad del sistema? Algunas características de Xcode requieren que se ejecute root, y la aplicación Xcode puede realizar cambios en el sistema, incluso si SIP está habilitado. Homebrew, por otro lado, requiere permiso de root para instalar correctamente, pero se le negará el acceso para modificar el sistema central si SIP está habilitado, por lo que es posible que Homebrew haya realizado algunas modificaciones en el sistema a través de Xcode, algunas modificaciones a las carpetas raíz que no están protegidas por SIP. y se le negó el acceso para modificar las carpetas raíz protegidas por SIP, lo que resultó en un sistema medio modificado, parcialmente vinculado y generalmente inestable. Puede verificar si SIP está habilitado (si no lo sabe) ejecutando el comando csrutil en el terminal. Si está habilitado, y tiene una copia de seguridad de la máquina en tiempo reciente, recomendaría reiniciar a su partición de recuperación, restaurar su sistema con la copia de seguridad, abrir un terminal mientras se está en la recuperación, ejecutar csrutil disable y reiniciar a macOS. Desde allí, instale las herramientas de línea de comandos de Xcode si no las tiene, e intente el proceso nuevamente con Xcode 8 en su lugar. Si bien esto no es seguro, el problema, el SIP puede causar problemas cuando se usa con un software que modifica el sistema, y en vista de cómo tiene suficiente conocimiento de TI para instalar Xcode y un administrador de paquetes de línea de comandos, lo recomiendo en primer lugar. deshabilitándolo para estar seguro como regla.