¿Tiene configurada una unidad Time Machine externa (o de red)? Si es así, es posible que esté viendo las copias de seguridad de sus archivos.
Abra Preferencias del sistema y haga clic en el icono de Spotlight y luego en la pestaña Privacidad. Haga clic en el botón "+" en la parte inferior de esa ventana y agregue la (s) unidad (es) de Time Machine. A continuación, puede salir de las preferencias del sistema.
Me estaba ocurriendo algo similar en el que aparentemente obtenía elementos duplicados en las búsquedas. Excluyendo mi unidad Time Machine eliminé ese problema.
Tenga en cuenta que ahora, si necesita un archivo de una copia de seguridad de Time Machine y no puede simplemente buscarlo, deberá ingresar a Time Machine para encontrar el archivo.