Es importante hacer la distinción entre Java y JavaScript .
Java es un lenguaje de programación de propósito general y tiempo de ejecución asociado desarrollado originalmente por Sun. Los programas Java pueden ejecutarse dentro de un complemento de navegador. Se han descubierto algunas vulnerabilidades recientes y Apple ha dado el paso de deshabilitar Java de forma predeterminada.
Javascript es un lenguaje de script utilizado ampliamente en la web para proporcionar todo tipo de comportamiento dinámico para los sitios web. Como todo, nunca será 100% seguro, sino porque está limitado en lo que puede hacer (puede modificar el comportamiento de una página web, pero no puede ejecutar código arbitrario en su Mac o modificar sus archivos), es más seguro que Java.
Javascript es bastante seguro dejarlo activado (y paralizará un lote de sitios si lo desactivas). Si definitivamente necesita Java, entonces déjelo encendido, pero tenga cuidado de ejecutar la Actualización de Software para obtener los últimos parches de seguridad y considere desactivarlo si no necesita acceder a esos sitios por un tiempo. Deshabilitarlo en los navegadores que no usa para esos sitios también es una buena idea.