Tengo este tipo de configuración en mi Mac mini, SSD de 120 Gb, HDD de 320 Gb. En lugar de hacer montajes o alterar la ubicación de la carpeta de inicio, decidí simplemente vincular las "carpetas pesadas" a su ubicación en el disco duro:
$ ls -l
total 1304
drwxr-xr-x 17 tyr admin 578 Apr 17 01:51 Applications
drwx------+ 6 tyr staff 204 Apr 21 20:20 Desktop
lrwxr-xr-x 1 root staff 35 Dec 31 08:15 Documents -> /Volumes/MiniHD/Users/tyr/Documents
lrwxr-xr-x 1 root staff 35 Dec 31 08:19 Downloads -> /Volumes/MiniHD/Users/tyr/Downloads
lrwxr-xr-x 1 root staff 33 Mar 18 16:11 Dropbox -> /Volumes/MiniHD/Users/tyr/Dropbox
drwx------@ 56 tyr staff 1904 Apr 18 03:49 Library
lrwxr-xr-x 1 root staff 32 Dec 31 08:19 Movies -> /Volumes/MiniHD/Users/tyr/Movies
drwx------+ 6 tyr staff 204 Feb 19 04:35 Music
drwx------+ 25 tyr staff 850 Apr 21 16:24 Pictures
drwxr-xr-x+ 88 tyr staff 2992 Apr 8 11:17 Public
drwxr-xr-x+ 3 tyr staff 102 Dec 31 08:02 Sites
lrwxr-xr-x 1 root staff 41 Dec 31 08:30 VirtualMachines -> /Volumes/MiniHD/Users/tyr/VirtualMachines
drwxr-xr-x@ 2 tyr staff 68 Jan 11 19:51 dwhelper
drwxr-xr-x 2 tyr staff 68 Dec 31 08:54 lf5
He tenido esta configuración por un par de meses y no he tenido ningún problema con ella.
2 carpetas no están vinculadas: "Música" e "Imágenes" porque cambié la ubicación de la música y las imágenes en iTunes y iPhoto respectivamente. Para iTunes, esto me permite mantener los metadatos (la "db" de iTunes) en el SSD donde es más rápido.