Mirando las especificaciones técnicas para las últimas iMacs de Apple, todos los modelos de 21.5 "parecen tener una fuerza de 5400 rpm unidades, a menos que hayas actualizado específicamente el tuyo. (No puedo encontrar un modelo de 3.5 GHz en realidad, así que no pude verificar tu modelo y tampoco pude hacerte ningún comentario).
Sobre la base de la suposición de que sí tiene un modelo con una inmersión de 5400 rpm, su tiempo de arranque no parece irrazonable. Por supuesto, el hecho de que hayas publicado sobre esto plantea la pregunta de si tu tiempo de arranque fue mucho más corto antes de Yosemite.
Un SSD (o quizás una unidad Fusion) mejoraría drásticamente el tiempo de arranque (y probablemente también el rendimiento general) en comparación con una unidad de 5400 rpm.
Su tiempo de arranque también podría mejorar si realiza una instalación limpia de Yosemite. Supongo que parte de la razón por la que eligió actualizar es que usted, como yo, tiene demasiadas cosas que serían un problema para reinstalar. Teniendo muchas aplicaciones y archivos en el disco duro, creo que también podría afectar el tiempo de arranque, ya que el sistema operativo probablemente realiza una indexación y quién sabe qué más en el sistema de archivos cuando el sistema se está iniciando.
TL; DR: Si tienes un 5400 rpm, no es irrazonable que los tiempos de arranque sean tan largos. La instalación limpia del sistema operativo podría ayudar, pero la mejora más grande se vería con una actualización a SSD.