Solo tiene que seleccionar ambos discos como discos de respaldo desde el panel Pref. de Time Machine, uno a la vez.
Editar:
Conecte su primera unidad, abra la preferencia del sistema Time Machine, haga clic en el botón Seleccionar disco y elija la unidad adjunta como el destino de la copia de seguridad. Inicie una copia de seguridad y espere hasta que se haga.
Ahora conecte la otra unidad, abra la preferencia del sistema Time Machine una vez más, haga clic en Seleccionar disco y elija la nueva unidad como el destino de la copia de seguridad. De nuevo, espere a que se complete la copia de seguridad. Ahora tienes dos copias de seguridad idénticas.
Tomado de Artículo de Macworld