Descargue Subler (http://code.google.com/p/subler/). Abre la versión HD de la película en Subler y asegúrate de marcarla y marcarla como versión HD. Esto luego agrega los metadatos para que sepa que es una película HD.
También, asegúrese de que esté marcado como una película. Normalmente aparecerá como Normal.
Finalmente, necesitas agregar una etiqueta meta en la primera pestaña. ContentID debe completarse y debe ser exclusivo para su biblioteca, y el mismo para ambos archivos. Básicamente, elija un número aleatorio y empújelo.
Luego puedes volver a agregar las películas y se agruparán. En este punto, puede eliminarlos de iTunes (seleccionar y eliminar). Elegiría la opción Conservar archivos y simplemente los arrastraré de nuevo a iTunes para que vuelva a agregarlos.
Personalmente, uso iVi (disponible en la Mac App Store) y si seleccionas las opciones para salida tanto en SD como en HD, hará todo el trabajo por ti.