¿Puedo eliminar todas las aplicaciones de iOS en mi Mac y seguir haciendo copias de seguridad completas del teléfono?

Tienes razón. Desde iOS 9, la forma "habitual" en que se vuelven a instalar las aplicaciones de iOS después de restaurar una copia de seguridad de iTunes es descargándolas de nuevo desde App Store después de que finalice el proceso de configuración iniciando sesión con su ID de Apple.

Nota: tener las aplicaciones almacenadas en iTunes es una necesidad si hay una aplicación que desea seguir instalando en dispositivos, pero ya no está en la tienda de aplicaciones (piense en Flappy Bird). La biblioteca en iTunes es la única manera de obtenerla entonces. No me preocupo por esto personalmente, pero sería negligente si no lo mencionara.

La forma "por libro" de eliminarlos está en la Biblioteca de iTunes > Aplicaciones Puede seleccionar múltiples con Shift + clic o Comando + clic, y luego haga clic derecho y seleccione Eliminar de la biblioteca. Luego, seleccione Mover archivos a la papelera.

Definitivamente, puedes eliminar todas las aplicaciones en la biblioteca de iTunes y seguir haciendo copias de seguridad completas y restauraciones.

Las aplicaciones en sí mismas no se encuentran en la copia de seguridad, solo notas sobre qué aplicaciones se instalaron (para que puedan volver a descargarse desde la App Store), y los datos almacenados para esas aplicaciones.