Yo también luché con esto. Después de seguir varios callejones sin salida (de búsquedas en Google, por ejemplo, sugiriendo eliminar cachés de fotos, que no tuvieron ningún efecto en los mensajes de advertencia para mí), y sin saber de la información útil de @hawkeye, noté que había un pequeño símbolo de advertencia (triángulo con un signo de exclamación en ella) en iTunes, entre el nombre de mi dispositivo y el símbolo de expulsión del dispositivo, en la parte superior del panel del dispositivo a la izquierda. Cuando hice clic en el símbolo de advertencia, apareció un mensaje que describía cuál era el problema; ver la imagen (En mi caso, no tenía suficiente espacio libre para reemplazar una aplicación particularmente grande). ¡Apple seguramente podría hacer esto más obvio!
Por cierto, puede obtener una advertencia de elemento no sincronizado en el dispositivo cuando no haya un problema, debido a los datos obsoletos en iTunes. Puede eliminar la advertencia del dispositivo restableciendo las advertencias de diálogo y la memoria caché de iTunes Store en la sección Avanzado de las preferencias de iTunes; Hay dos botones que puedes presionar. Esto resolvió un misterioso problema de advertencia de sincronización para mí en el pasado.