Se intentó instalar gromacs 5.1.1 a través de homebrew, no se encontraron todos los comandos

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He intentado instalar gromacs en mi sistema (10.11.5) a través de homebrew. El comando que utilicé fue brew install gromacs y parece haber funcionado bien; gromacs está en mi usr/bin/Cellar , y aparece cuando ejecuto brew list .

Pero, cuando intento ejecutar cualquier comando gromacs, recibo un error de comando no encontrado. Cuando intento ejecutar man gromacs , me dice que no hay una entrada manual para gromacs; Obtengo entradas de man como es normal para otros paquetes de elaboración que estoy usando.

La salida de

brew doctor se pega a continuación, pero nada de eso significa nada para mí. Apreciaría sus perspectivas sobre cómo hacer que esto funcione, o sobre qué otra información podría necesitar incluir.

Me pregunto si necesito modificar mi RUTA, pero si es así, no sé cómo hacerlo o qué modificarlo.

Saludos

elabora la salida del médico después de esto Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib. If you didn't put them there on purpose they could cause problems when building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Dylibs inesperados:     /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib     /usr/local/lib/libtk8.6.dylib

Advertencia: Se encontraron archivos de encabezado sin elaborar en / usr / local / include. Si no los pusiste allí a propósito, podrían causar problemas cuando construyendo fórmulas de Homebrew, y puede ser necesario eliminarlas.

Archivos de encabezado inesperados:     /usr/local/include/fakemysql.h     /usr/local/include/fakepq.h     /usr/local/include/fakesql.h     /usr/local/include/itcl.h     /usr/local/include/itcl2TclOO.h     /usr/local/include/itclDecls.h     /usr/local/include/itclInt.h     /usr/local/include/itclIntDecls.h     /usr/local/include/itclMigrate2TclCore.h     /usr/local/include/itclTclIntStubsFcn.h     /usr/local/include/mysqlStubs.h     /usr/local/include/odbcStubs.h     /usr/local/include/pqStubs.h     /usr/local/include/tcl.h     /usr/local/include/tclDecls.h     /usr/local/include/tclOO.h     /usr/local/include/tclOODecls.h     /usr/local/include/tclPlatDecls.h     /usr/local/include/tclThread.h     /usr/local/include/tclTomMath.h     /usr/local/include/tclTomMathDecls.h     /usr/local/include/tdbc.h     /usr/local/include/tdbcDecls.h     /usr/local/include/tdbcInt.h     /usr/local/include/tk.h     /usr/local/include/tkDecls.h     /usr/local/include/tkPlatDecls.h

Advertencia: se encontraron archivos .la sin elaborar en / usr / local / lib. Si no los pusiste allí a propósito, podrían causar problemas cuando construyendo fórmulas de Homebrew, y puede ser necesario eliminarlas.

Archivos .la inesperados:     /usr/local/lib/libfftw3f.la     /usr/local/lib/libfftw3f_threads.la

Advertencia: se encontraron archivos .pc sin elaborar en / usr / local / lib / pkgconfig. Si no los pusiste allí a propósito, podrían causar problemas cuando construyendo fórmulas de Homebrew, y puede ser necesario eliminarlas.

Archivos .pc inesperados:     /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc     /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc

Advertencia: Se encontraron bibliotecas estáticas no elaboradas en / usr / local / lib. Si no los pusiste allí a propósito, podrían causar problemas cuando construyendo fórmulas de Homebrew, y puede ser necesario eliminarlas.

Bibliotecas estáticas inesperadas:     /usr/local/lib/libtclstub8.6.a     /usr/local/lib/libtkstub8.6.a

    
pregunta Lovelaces 07.07.2016 - 05:30

1 respuesta

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Lo descubrí yo mismo, por lo que publico la respuesta en caso de que alguien más tenga este problema.

La respuesta fue que gromacs ha cambiado desde la versión que usé más recientemente, y que los comandos que estaba acostumbrado a dejar de existir. Por ejemplo, el comando g_energy ahora se ejecuta como gmx energy .

Si también tiene este problema, gmx help commands debería darle una lista de lo que son los comandos ahora.

¡Gracias por leer esto!

    
respondido por el Lovelaces 07.07.2016 - 06:55

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