Desde que instalé IoS 9.3 en mi iPad 2, el bloqueo del código de acceso no funciona a menos que Require Passcode esté configurado en Inmediatamente. Específicamente, ya sea que deje que la pantalla se apague después del tiempo de Auto-Lock, o cierre la cubierta, si Require Passcode está configurado para otra cosa, nunca recibo una solicitud de contraseña, mientras que si está configurado como Inmediato, lo hago. ¿Alguien más ha visto esto?
Puede intentar mantener presionados los botones de inicio y de bloqueo durante un tiempo hasta que el dispositivo reinicie el sistema operativo. Este inicio requerirá un poco más de tiempo porque será más profundo que el reinicio normal.
iOS 9.3 ha traído muchos errores, este debería ser uno de ellos. Creo que, por ahora, deberías bloquearlo con el código establecido en "inmediatamente" (por razones de seguridad), hacer un video de YouTube para explicar el problema (hice algo similar para una actualización de PlayStation Vita y se solucionó), repórtelo a Apple y espere a que salga 9.3.1.