La respuesta es mixta. Si bien la tienda de aplicaciones iTunes puede iniciar sesión con un ID de Apple por separado, habrá algunos datos (naturalmente) almacenados en la segunda cuenta que utilice. El dispositivo no se agregará a sus dispositivos My Apple, aunque se convertirá en un dispositivo autorizado en la tienda iTunes Store. Como tal, se mantendrá cierto nivel de datos en los Servidores Apple para facilitar esta transacción. AFAIK, estos datos no son accesibles por el usuario.
Sin embargo, para las copias de seguridad de datos, Fotos, Buscar mi iPhone, Mis dispositivos Apple, etc. que requieren que el usuario inicie sesión a través de iCloud en el teléfono y no solo en Apple Store. A partir de ahí, cualquier nivel de datos que establezca para la sincronización se replicará. Tenga en cuenta que PUEDE iniciar sesión en una cuenta separada de iCloud e iTunes, así como en otros servicios (como cuentas separadas de iCloud y Mensajes).