Es probable que una aplicación de terceros inicie iTunes. (como el servidor de medios plex)
A partir de iTunes 12.2, el archivo Library.XML ya no se genera automáticamente. Habilitar preferencias > avanzado > "compartir la biblioteca de iTunes xml con otras aplicaciones" parece resolver el problema de algunas aplicaciones de terceros que inician iTunes. Aparentemente, si el archivo XML no está presente, la aplicación de terceros abre iTunes para acceder a la biblioteca, si el XML está presente no es necesario abrir iTunes.
Apple no explicó bien este cambio y, de hecho, la opción aún no está incluida en el archivo de ayuda de iTunes (al menos la ayuda de iTunes de Windows). En su lugar, Google "comparte el xml de la biblioteca de iTunes con otras aplicaciones" para obtener más información.