Este artículo es bastante antiguo, pero creo que es probablemente el motivo ...
El esquema del mapa de partición describe cómo la unidad almacena sus volúmenes. Las unidades originalmente configuradas para su uso en Windows usualmente usan el esquema Master Boot Record (MBR), a diferencia del esquema Apple Partition Map (APM), el valor predeterminado para Macs basadas en PowerPC, o el esquema de tabla de particiones GUID (GPT), el predeterminado para Intel Macs. Aunque OS X es compatible con MBR, hay un problema: los volúmenes extendidos de Mac OS no pueden tener más de 512 GB en una unidad particionada con el esquema MBR. Entonces, si tiene, digamos, una unidad de 750GB o 1TB, debe volver a particionarlo para usar el esquema GPT o APM antes de que pueda funcionar con Time Machine.
Fuente: Macworld: sugerencias y solución de problemas de Time Machine
La KB de Apple no parece ser tan explícita: OS X Yosemite: discos que puede usar con Time Machine
Debería ir a Utilidad de disco & verifique que la unidad tenga el formato no solo de Mac OS X Extended, sino que la estructura subyacente sea GUID [la mayoría de las unidades de terceros llegarán como MBR / NTFS generalmente para Windows]
Solo puede cambiar de MBR a GUID borrando completamente la unidad & comenzando de nuevo ...
Seleccione la unidad en sí [no el volumen]. En la parte inferior derecha le indicará el esquema de particiones.
Si no es GUID, entonces > Dividir. Seleccione un diseño de partición [no actual], luego Opciones ... & establecer en la tabla de particiones GUID.