Como la 10.6.8 es compatible con Mac Pros, la respuesta simple es sí , puedes transferir tus discos a la nueva Mac Pro y tu instalación funcionará como antes.
Suponiendo que no haga algo estúpido, como aceptar la actualización gratuita de Yosemite (que es compatible con Mac Pro 3,1), podrá volver a mover el disco a la máquina más antigua si lo necesita. Mientras permanezca con la versión 10.6.8, no hay actualizaciones que afecten la capacidad de su disco de inicio de la versión 10.6.8 para iniciar la Mac más antigua.
Habiendo dicho eso, si el Mac Pro más nuevo tiene una especificación razonablemente más alta (y desea funciones de servidor más nuevas como Profile Manager), puede pensar en realizar una instalación limpia de 10.10 (además de comprar la última iteración). del servidor OS X), luego migrando los datos desde la máquina anterior. El único costo es la compra del servidor OS X, y eso no va a romper el banco.