El sistema operativo de Apple no baja la calificación. Deberá realizar una copia de seguridad de sus archivos y aplicaciones en una ubicación externa y luego limpiar la partición principal utilizando el modo de recuperación.
En ese momento, puede ejecutar el instalador 10.9.3, pero nuevamente, la migración de los datos del usuario será manual, ya que el asistente no cargará los archivos más nuevos en el sistema operativo anterior.
Su mejor opción podría ser instalar 10.9.3 en una unidad externa y probar a cambiar la ubicación de la carpeta de inicio de la nueva instalación para que apunte a la unidad antigua (después de una copia de seguridad, por supuesto) y hacer una lista de aplicaciones que han fallado.
En ese momento, puede pedir ayuda uno por uno si una búsqueda rápida no da respuesta a esos problemas específicos. La mayoría de las aplicaciones deberían funcionar bien con una regresión tan pequeña.