La descripción no es muy clara, pero sí, puedes tener diferentes ID de Apple para iCloud y para las compras de iTunes (si es lo que estás pidiendo).
Para hacer esto: en el iPhone, vaya a Configuración > iCloud > E * nte el ID de Apple que desea usar para iCloud Backup * > Activa "iCloud Backup" .
Ahora, para configurar un ID de Apple diferente para las compras de iTunes, vaya a Configuración > "App Store" o "iTunes & App Stores" > Ingrese el otro ID de Apple que se usará para las compras .
De esa manera, puedes tener 2 ID de Apple separadas: una para la copia de seguridad de iCloud y otra para las compras de iTunes.